La Ferrovia è gestita da due società: la Società Subalpina di Imprese Ferroviarie (I) e le Ferrovie e autolinee regionali ticinesi (CH).

La  Società Subalpina di Imprese Ferroviarie (SSIF) è una società per azioni a capitale privato, concessionaria sin dal 1912 della costruzione e gestione della ferrovia internazionale elettrica a scartamento metrico da Domodossola fino al confine svizzero.

Le Ferrovie e autolinee regionali ticinesi sono una società di trasporto pubblico attiva nel Locarnese che dal 1923  gestisce la tratta ferroviaria svizzera da Locarno fino al confine svizzero. Le Ferrovie Autolinee Regionali Ticinesi sono una società anonima iscritta nel registro di commercio del Cantone Ticino, con capitale in azioni nominative (enti pubblici) e al portatore (privati).  In aggiunta alla Ferrovia delle Centovalli (concessione federale del 1905), la società locarnese gestisce anche il servizio di autolinee per la rete urbana di Locarno (3 linee), per la rete regionale (5 linee) e le funivie Verdasio-Rasa e Intragna-Pila-Costa.